有一天，冲绳附近的海(hǎi )域出现了一种奇怪的生物。 “它”的外形(xíng )类似(sì )于棘冠海星，它的毒液会伤害渔民，并迅速蔓延到整(zhěng )个日本。这是怪物达嘎拉 (Dagahra) 复活的预兆，达嘎拉是由传说中(zhōng )的古(gǔ )代文明 Nirai Kanai 创造的，作为解决环境污染的生物净(jìng )化系统，但它失去了控制，最终导致了(le ) Nirai Kanai 的灭亡。埃利亚斯姐妹察觉到地球危机，飞到石垣岛，那里出现了一只名叫 Gogo 的小生物，它来自 Nirai Kanai。大陆的盗猎者(zhě )从(cóng ) Gogo 尾巴上的装饰环得知那里有宝藏，一些当地女孩收养了 Gogo。艾利亚斯姐妹知道“尼莱卡奈遗迹中藏有可以打败达加拉的宝藏”的传说。少女们、艾(ài )利亚斯姐妹以及与姐妹们发生(shēng )冲突的偷猎者兼黑仙女贝尔贝拉结成团队出海。在Gogo的引导下，Nirai Kanai的金字塔遗址从海中浮现出来(lái )。然而，当她们寻找宝(bǎo )藏时，达嘎拉降临石垣岛并开始肆虐，于是伊莱亚斯姐妹召唤了摩斯拉与他战斗。达嘎拉与魔斯拉在从石垣(yuán )岛到西表岛的空中(zhōng )展开了战斗，之后又在(zài )金字塔遗址附近展开(kāi )了海底战斗，魔(mó )斯拉(lā )被擅长海战的达嘎拉拖入海中。然后，达嘎拉将“它”——无数的贝伦——附着在魔斯拉身上，使她无法战斗。埃利亚斯拼命想要除掉附着在魔斯拉身上的贝伦，但是贝伦数量实在太多，根本无法除掉。摩斯拉陷入绝境，寻找宝(bǎo )藏已成当务之急。逃离遗迹中的陷阱后，少女们和偷猎者到达(dá )了一个(gè )大厅，那里有一幅 Nirai Kanai 公主的三维图像，告诉她们 Gogo 已经选择了(le )少女 Shiori 作为宝藏的主人。然而，达嘎拉攻击了金字塔！金字塔倒塌后(hòu )，魔(mó )斯拉能够利用戈(gē )戈的“生命之水”的力量去除附身于她的贝伦，她变成了彩虹魔斯拉，力量更加强大，并再次与达嘎拉战斗。形势已经和之前完全不同(tóng )了，现在是摩斯拉占了上风。当达嘎拉再次(cì )潜入海中时，魔斯拉化身为水之魔斯拉，战(zhàn )斗转移到了海底。魔斯拉用屏障抵挡达加拉的攻击，并对达加拉发动强大的攻击。随后他化作分身形(xíng )态，从达加拉体内发起攻击，一路击败了贝伦，最终导致达加(jiā )拉坠落，并与金字塔一起消失。魔斯拉脱离(lí )海面之后，变回了原来的样子——彩虹魔斯拉，回到了(le )婴儿岛，危机结束。