位于东京西(xī )部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其(qí )中(zhōng )约8成是学生(shēng )的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生(shēng )上条(tiáo )当麻，也是住(zhù )在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要(yào )是异能之力，就连神的加护都(dōu )能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充(chōng )满不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学(xué )”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解(jiě )决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十(shí )字教最大宗派罗马正教，终于注意到上(shàng )条的存在……。如同呼应魔法方一般，科学方的(de )学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关(guān )联，而使命运大为改变的“英雄(xióng )”们。他们挺身而出与世界对(duì )峙。如(rú )同上条当麻做过的那样。科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！