位于东京西部的巨大“学园都市”。在总(zǒng )人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实(shí )施着超能力开发的特殊(shū )课程，学生们的能力被给予(yǔ )从“无能力Level 0”到(dào )“超(chāo )能力Level 5”的六阶段评价。　　高中生上条当麻，也是住在(zài )学园都市的学生之一。他由于隐藏在(zài )右(yòu )手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的(de )“无能力”，过着充满不幸的人生。　　而上条的学生(shēng )生活，由于暑假开(kāi )始时从天而降的纯(chún )白修(xiū )女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的(de )过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也(yě )有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有(yǒu )所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。　　他们挺身而出与世界对(duì )峙。如同上条(tiáo )当麻做过的那样。　　科学与(yǔ )魔法第三次(cì )交织之时，故事将大幅推进！！